Det bottniska handelstvånget innebar att invånarna i norra Sverige och Finland inte själva fick segla med sina varor till andra länder. Därigenom kunde främst Stockholmsköpmännen göra vinster på de fattigare landsändarnas bekostnad. Det var för att avskaffa den bestämmelsen som Chydenius utsågs till riksdagsledamot. Han anslöt sig till de yngre mössorna, ett parti som var kritiskt till aristokratin, byråkratin och merkantilismen.
Chydenius hade betydande del i att riksdagen avskaffade det bottniska handelstvånget, avreglerade fisket, avskaffade stödet till manufakturerna, reformerade riksdagsarbetet till de ofrälse ståndens fördel och införde världens mest liberala tryckfrihetslagstiftning, som gav Sverige den unika, grundlagsskyddade offentlighetsprincipen.
Parallellt med insatserna i riksdagen publicerade Chydenius åtta skrifter 1765–66, däribland den ännu i dag omtalade Den Nationnale Vinsten. Här utvecklade han – elva år före Adam Smiths Nationernas välstånd – teorin bakom marknadsekonomin.